Аполлинарий Васильевич Рудаков родился 9 июня (по старому стилю) 1871 г. в городе Ленкорань Бакинской губернии в семье служащего транспортной конторы Василия Трофимовича Рудакова и его жены Капитолины Ивановны, дочери священника.

В 1883 г., после смерти Рудакова-старшего, семья перебралась в Санкт-Петербург. В Петербурге Аполлинарий поступил в гимназию и наряду с учебой, чтобы прокормить семью начал давать частные уроки. В гимназии он, проявив исключительные лингвистические способности, изучил греческий, французский, латинский и немецкий языки.

После окончания гимназии, в 1891 г. А.В. Рудаков поступил на восточный факультет Петербургского университета, где начал обучаться по китайско-монгольско-маньчжурскому разряду. Во время обучения в вузе лингвистические способности А.В. Рудакова проявились ещё ярче – к моменту окончания университета он знал латинский, греческий, немецкий, французский, английский, китайский, маньчжурский, монгольский и калмыцкий языки.

В 1896 г., по окончанию университета с дипломом первой степени и с отличными баллами по выпускным экзаменам, А.В. Рудаков был направлен в трёхгодичную командировку в Пекин для совершенствования своих знаний по китайскому языку, культуре и истории страны, а также для ознакомления с учебными пособиями и методами преподавания китайского языка иностранцами.

Летом 1900 г. была опубликована его первая, созданная по материалам китайской командировки  книга – «Общество И-Хэтуань и его значение в событиях на Дальнем Востоке».

Указом императора Николая II от 13 августа 1899 г. 28-летний А.В. Рудаков был назначен исполняющим должность профессора китайского языка Восточного института, созданного его учителем А.М. Позднеевым. В институте А.В. Рудаков читал лекции по истории, географии и этнографии Востока, китайской филологии, современной истории Китая, Кореи, Японии, социально-экономической и культурной истории Маньчжурии. Неоднократно совершал научные командировки в Китай, где в частности, проехал в кибитке через Монголию и пустыню Гоби, проплыл на пароходе по реке Янцзы, посетив Шанхай и Нанкин. В мае-июне 1900 г. посетил Южную Маньчжурию и был свидетелем движения ихэтуаней.

Восточный институт, нач. ХХ в.

РГИА ДВ. Ф. 266. Оп. 1. Д. 17. Л. 3

В 1904 г. А.В. Рудаков был официально утвержден в должности профессора Восточного института, а в 1905 г. при его активном участии был урегулирован конфликт между преподавателями и революционно настроенными студентами.

РГИА ДВ. Ф. 266. Оп. 1. Д. 4. Л. 9

Во многом благодаря этому год спустя, в 1906 г. он был избран новым директором института.

РГИА ДВ. Ф. 266. Оп. 1. Д. 157. Л. 159

А.В. Рудаков, нач. ХХ в.

А.В. Рудаков занимал пост директора Восточного института 11 лет, вплоть до революции 1917 г. Аполлинарий Васильевич внес большой вклад в развитие института.

РГИА ДВ. Ф. 266. Оп. 1. Д. 31. Л. 20

Были обустроены и расширены общежития для стипендиатов, создана недорогая студенческая столовая, оборудована типография с уникальными восточными шрифтами. Также была значительно пополнена институтская библиотека, где были собраны уникальные китайские, маньчжурские и тибетские ксилографы. При нем библиотека Восточного института стала одним из лучших востоковедных хранилищ мира. Ещё одним достижением Аполлинарий Васильевич Рудакова на посту директора стало открытие в институте двух новых научных направлений – японоведения и корееведения. Восточный институт стал одним из первых в стране высших учебных заведений, где преподавались японский и корейский языки.

А.В. Рудаков, 1910-е гг.

В 1918 г. на базе Восточного института был создан восточный факультет Государственного Дальневосточного университета, где бывшего директора А.В. Рудакова назначили профессором китайского языка и китаеведения этого факультета.

РГИА ДВ. Ф. Р-289. Оп. 1. Д. 2. Л. 4

На этой должности он проработал до самого закрытия ГДУ в июле 1939 г.

РГИА ДВ. Ф. Р-289. Оп. 1. Д. 41. Л. 8

Здание бывшего Восточного института/ГДУ, 1930-е гг.

После расформирования ГДУ Рудаков преподавал китайский язык на военном отделении Института востоковедения и, впоследствии, на курсах военных переводчиков Тихоокеанского флота. В течение многих лет он являлся экспертом и переводчиком во Владивостокском суде.

После установления во Владивостоке советской власти у профессора был отобран построенный им двухэтажный дом. В 1935 г. А.В. Рудакову предоставили квартиру на первом этаже Дома специалистов на улице Суханова, где он и прожил до конца своих дней.

В 1946 г. за три года до смерти, в газете «Красное знамя» была опубликована его статья с призывом восстановить Восточный институт, однако власти проигнорировали этот призыв.

Скончался Аполлинарий Васильевич 11 мая 1949 г. во Владивостоке. Похоронен на Морском кладбище.

В 2000-х гг. в честь профессора в Восточном институте ДВГУ был открыт «кабинет памяти А.В. Рудакова».